용매: 단백질 접힘을 위한 프레임워크

Solvent: A Framework for Protein Folding

July 7, 2023

저자: Jaemyung Lee, Jaehoon Kim, Hasun Yu, Youhan Lee

cs.AI

초록

일관성과 신뢰성은 AI 연구를 수행하는 데 있어 매우 중요합니다. 객체 탐지와 같은 많은 유명 연구 분야는 견고한 벤치마크 프레임워크를 통해 비교 및 검증되어 왔습니다. AlphaFold2 이후, 단백질 접힘(protein folding) 작업은 새로운 단계에 진입했으며, AlphaFold2의 구성 요소를 기반으로 한 다양한 방법들이 제안되고 있습니다. 단백질 접힘 연구에서 통일된 연구 프레임워크의 중요성은 다양한 접근 방식을 일관적이고 공정하게 비교할 수 있는 구현과 벤치마크를 포함합니다. 이를 위해 우리는 Solvent를 제안합니다. Solvent는 최신 모델의 주요 구성 요소를 즉시 사용 가능한 인터페이스 방식으로 지원하는 단백질 접힘 프레임워크입니다. Solvent는 통일된 코드베이스로 구현된 다양한 모델을 포함하며, 동일한 데이터셋에서 정의된 모델의 학습과 평가를 지원합니다. 우리는 잘 알려진 알고리즘과 그 구성 요소를 벤치마크하고, 단백질 구조 모델링 분야에 유용한 통찰을 제공하는 실험을 수행합니다. 우리는 Solvent가 제안된 모델의 신뢰성과 일관성을 높이고, 속도와 비용 측면에서 효율성을 제공함으로써 단백질 접힘 모델링 연구의 가속화에 기여하기를 바랍니다. 코드는 https://github.com/kakaobrain/solvent에서 확인할 수 있으며, 이 프로젝트는 지속적으로 개발될 예정입니다.

English

Consistency and reliability are crucial for conducting AI research. Many famous research fields, such as object detection, have been compared and validated with solid benchmark frameworks. After AlphaFold2, the protein folding task has entered a new phase, and many methods are proposed based on the component of AlphaFold2. The importance of a unified research framework in protein folding contains implementations and benchmarks to consistently and fairly compare various approaches. To achieve this, we present Solvent, an protein folding framework that supports significant components of state-of-th-arts models in the manner of off-the-shelf interface Solvent contains different models implemented in a unified codebase and supports training and evaluation for defined models on the same dataset. We benchmark well-known algorithms and their components and provide experiments that give helpful insights into the protein structure modeling field. We hope that Solvent will increase the reliability and consistency of proposed models and gives efficiency in both speed and costs, resulting in acceleration on protein folding modeling research. The code is available at https://github.com/kakaobrain/solvent, and the project will continue to be developed.