Solvent: Een Framework voor Eiwitvouwing

Solvent: A Framework for Protein Folding

July 7, 2023

Auteurs: Jaemyung Lee, Jaehoon Kim, Hasun Yu, Youhan Lee

cs.AI

Samenvatting

Consistentie en betrouwbaarheid zijn cruciaal voor het uitvoeren van AI-onderzoek. Veel bekende onderzoeksgebieden, zoals objectdetectie, zijn vergeleken en gevalideerd met solide benchmarkframeworks. Na AlphaFold2 is de eiwitvouwtaak een nieuwe fase ingegaan, en veel methoden zijn voorgesteld op basis van de componenten van AlphaFold2. Het belang van een uniform onderzoekskader voor eiwitvouwing omvat implementaties en benchmarks om verschillende benaderingen consistent en eerlijk te vergelijken. Om dit te bereiken, presenteren we Solvent, een eiwitvouwframework dat belangrijke componenten van state-of-the-art modellen ondersteunt in de vorm van een kant-en-klare interface. Solvent bevat verschillende modellen die zijn geïmplementeerd in een uniforme codebase en ondersteunt training en evaluatie voor gedefinieerde modellen op dezelfde dataset. We benchmarken bekende algoritmen en hun componenten en bieden experimenten die nuttige inzichten geven in het veld van eiwitstructuurmodellering. We hopen dat Solvent de betrouwbaarheid en consistentie van voorgestelde modellen zal vergroten en efficiëntie zal bieden in zowel snelheid als kosten, wat zal resulteren in een versnelling van het onderzoek naar eiwitvouwmodellering. De code is beschikbaar op https://github.com/kakaobrain/solvent, en het project zal verder worden ontwikkeld.

English

Consistency and reliability are crucial for conducting AI research. Many famous research fields, such as object detection, have been compared and validated with solid benchmark frameworks. After AlphaFold2, the protein folding task has entered a new phase, and many methods are proposed based on the component of AlphaFold2. The importance of a unified research framework in protein folding contains implementations and benchmarks to consistently and fairly compare various approaches. To achieve this, we present Solvent, an protein folding framework that supports significant components of state-of-th-arts models in the manner of off-the-shelf interface Solvent contains different models implemented in a unified codebase and supports training and evaluation for defined models on the same dataset. We benchmark well-known algorithms and their components and provide experiments that give helpful insights into the protein structure modeling field. We hope that Solvent will increase the reliability and consistency of proposed models and gives efficiency in both speed and costs, resulting in acceleration on protein folding modeling research. The code is available at https://github.com/kakaobrain/solvent, and the project will continue to be developed.