Het Denario-project: Diepgaande kennis AI-agenten voor wetenschappelijke ontdekking
The Denario project: Deep knowledge AI agents for scientific discovery
October 30, 2025
Auteurs: Francisco Villaescusa-Navarro, Boris Bolliet, Pablo Villanueva-Domingo, Adrian E. Bayer, Aidan Acquah, Chetana Amancharla, Almog Barzilay-Siegal, Pablo Bermejo, Camille Bilodeau, Pablo Cárdenas Ramírez, Miles Cranmer, Urbano L. França, ChangHoon Hahn, Yan-Fei Jiang, Raul Jimenez, Jun-Young Lee, Antonio Lerario, Osman Mamun, Thomas Meier, Anupam A. Ojha, Pavlos Protopapas, Shimanto Roy, David N. Spergel, Pedro Tarancón-Álvarez, Ujjwal Tiwari, Matteo Viel, Digvijay Wadekar, Chi Wang, Bonny Y. Wang, Licong Xu, Yossi Yovel, Shuwen Yue, Wen-Han Zhou, Qiyao Zhu, Jiajun Zou, Íñigo Zubeldia
cs.AI
Samenvatting
Wij presenteren Denario, een AI multi-agent systeem dat is ontworpen om als wetenschappelijke onderzoeksassistent te fungeren. Denario kan veel verschillende taken uitvoeren, zoals het genereren van ideeën, literatuuronderzoek verrichten, onderzoeksplannen ontwikkelen, code schrijven en uitvoeren, grafieken maken en een wetenschappelijk artikel opstellen en beoordelen. Het systeem heeft een modulaire architectuur, waardoor het specifieke taken kan afhandelen, zoals het genereren van een idee, of end-to-end wetenschappelijke analyses kan uitvoeren met Cmbagent als deep-research backend. In dit werk beschrijven wij Denario en zijn modules gedetailleerd en illustreren we zijn mogelijkheden door meerdere AI-gegenereerde artikelen te presenteren die het heeft gegenereerd in uiteenlopende wetenschappelijke disciplines zoals astrofysica, biologie, biofysica, biomedische informatica, scheikunde, materiaalwetenschap, mathematische fysica, geneeskunde, neurowetenschappen en planetaire wetenschap. Denario blinkt ook uit in het combineren van ideeën uit verschillende disciplines, wat wij illustreren door een artikel te tonen dat methoden uit de kwantumfysica en machine learning toepast op astrofysische data. Wij rapporteren de evaluaties die door domeinexperts op deze artikelen zijn uitgevoerd, die zowel numerieke scores als review-achtige feedback hebben verstrekt. Vervolgens belichten wij de sterke punten, zwakke punten en beperkingen van het huidige systeem. Ten slotte bespreken wij de ethische implicaties van AI-gedreven onderzoek en reflecteren wij op hoe dergelijke technologie zich verhoudt tot de wetenschapsfilosofie. Wij geven de code vrij op https://github.com/AstroPilot-AI/Denario. Een demo van Denario kan ook rechtstreeks op het web worden uitgevoerd op https://huggingface.co/spaces/astropilot-ai/Denario, en de volledige applicatie zal in de cloud worden geïmplementeerd.
English
We present Denario, an AI multi-agent system designed to serve as a
scientific research assistant. Denario can perform many different tasks, such
as generating ideas, checking the literature, developing research plans,
writing and executing code, making plots, and drafting and reviewing a
scientific paper. The system has a modular architecture, allowing it to handle
specific tasks, such as generating an idea, or carrying out end-to-end
scientific analysis using Cmbagent as a deep-research backend. In this work, we
describe in detail Denario and its modules, and illustrate its capabilities by
presenting multiple AI-generated papers generated by it in many different
scientific disciplines such as astrophysics, biology, biophysics, biomedical
informatics, chemistry, material science, mathematical physics, medicine,
neuroscience and planetary science. Denario also excels at combining ideas from
different disciplines, and we illustrate this by showing a paper that applies
methods from quantum physics and machine learning to astrophysical data. We
report the evaluations performed on these papers by domain experts, who
provided both numerical scores and review-like feedback. We then highlight the
strengths, weaknesses, and limitations of the current system. Finally, we
discuss the ethical implications of AI-driven research and reflect on how such
technology relates to the philosophy of science. We publicly release the code
at https://github.com/AstroPilot-AI/Denario. A Denario demo can also be run
directly on the web at https://huggingface.co/spaces/astropilot-ai/Denario, and
the full app will be deployed on the cloud.