Solvent: Uma Estrutura para o Dobramento de Proteínas

Solvent: A Framework for Protein Folding

July 7, 2023

Autores: Jaemyung Lee, Jaehoon Kim, Hasun Yu, Youhan Lee

cs.AI

Resumo

Consistência e confiabilidade são cruciais para a condução de pesquisas em IA. Muitos campos de pesquisa renomados, como a detecção de objetos, foram comparados e validados com estruturas de benchmark sólidas. Após o AlphaFold2, a tarefa de dobramento de proteínas entrou em uma nova fase, e muitos métodos foram propostos com base nos componentes do AlphaFold2. A importância de uma estrutura de pesquisa unificada no dobramento de proteínas inclui implementações e benchmarks para comparar de forma consistente e justa diversas abordagens. Para alcançar isso, apresentamos o Solvent, uma estrutura de dobramento de proteínas que suporta componentes significativos dos modelos state-of-the-art na forma de uma interface pronta para uso. O Solvent contém diferentes modelos implementados em uma base de código unificada e suporta o treinamento e a avaliação dos modelos definidos no mesmo conjunto de dados. Nós avaliamos algoritmos conhecidos e seus componentes e fornecemos experimentos que oferecem insights úteis para o campo de modelagem de estruturas proteicas. Esperamos que o Solvent aumente a confiabilidade e a consistência dos modelos propostos e traga eficiência tanto em velocidade quanto em custos, resultando em uma aceleração na pesquisa de modelagem de dobramento de proteínas. O código está disponível em https://github.com/kakaobrain/solvent, e o projeto continuará a ser desenvolvido.

English

Consistency and reliability are crucial for conducting AI research. Many famous research fields, such as object detection, have been compared and validated with solid benchmark frameworks. After AlphaFold2, the protein folding task has entered a new phase, and many methods are proposed based on the component of AlphaFold2. The importance of a unified research framework in protein folding contains implementations and benchmarks to consistently and fairly compare various approaches. To achieve this, we present Solvent, an protein folding framework that supports significant components of state-of-th-arts models in the manner of off-the-shelf interface Solvent contains different models implemented in a unified codebase and supports training and evaluation for defined models on the same dataset. We benchmark well-known algorithms and their components and provide experiments that give helpful insights into the protein structure modeling field. We hope that Solvent will increase the reliability and consistency of proposed models and gives efficiency in both speed and costs, resulting in acceleration on protein folding modeling research. The code is available at https://github.com/kakaobrain/solvent, and the project will continue to be developed.